Les objections contre cette doctrine sont nombreuses. Pour la Sainte Écriture comme pour l'anthropologie contemporaine, dit-on, l'âme et le corps ne sont pas deux parties de l'homme ; l'homme est un, corps et âme. La mort n'affecte pas seulement le corps, mais l'homme tout entier ; inversement, la vie éternelle ne serait pas celle de l'homme, si elle n'était pas celle de l'homme tout entier. Les chrétiens de confession évangélique en ont souvent déduit la doctrine de la mort totale de l'homme : quand il meurt, l'homme meurt tout entier ; c'est seuelement à la fin des temps qu'il sera recréé par Dieu. La question est alors de savoir comment l'identité de l'homme dans cette vie et dans la vie future peut être sauvegardée. On parle souvent aussi d'un sommeil de l'âme jusqu'à la résurrection des morts. Si on veut dire par là que l'âme demeurerait inconsciente en attendant la résurrection, cela aussi contredit le témoignage de la Sainte Écriture et de la tradition, où apparaît très tôt la conviction que les morts sont bien vivants ; cela ressort notamment de la manière dont on prie pour eux.
Une autre hypothèse contredit totalement la Sainte Écriture et la tradition de l'Église ; l'âme se réincarnerait après la mort pour recommencer une nouvelle vie en ce monde. Cette idée se rencontre dans de nombreuses religions non chrétiennes. ; elle a même pénétré aujourd'hui dans notre milieu culturel sous une autre forme. À l'arrière-plan se trouve notamment l'idée que nous pourrions ainsi nous purifier des fautes de la vie antérieure, recevoir une juste compensation pour des souffrances et des privations que nous aurions dû subir, sans faute de notre part, dans une première vie, et aussi la possibilité de réaliser ce qui n'a pas pu être achevé dans le court laps de temps d'une seule vie. Mais la foi chrétienne est convaincue que même de nombreuses vies terrestres ne suffiraient pas pour purifier l'homme et le rendre parfait. De plus, d'après la conception chrétienne, on ne peut pas séparer le corps et l'âme à un point tel que l'âme pourrait revêtir différents corps, sans perdre par là son identité propre. Enfin, cette vie ne peut être vraiment prise au sérieux que si elle est vue comme l'unique possiblité de décider pour ou contre Dieu, et si elle trouve dans la mort son aboutissment définitif. Le fait que nous ne vivons qu'une fois correspond au fait que Dieu nous a sauvés une fois pour toutes en Jésus-Christ, et qu'à travers la mort, nous aurons part à cette grâce du salut pour toujours (cf. He 9, 27-28).
Avec toute la prudence et la réserve requises, nous allons tenter de mieux comprendre la réalité de la vie des défunts auprès de Dieu, en réfléchissant de façon plus approfondie sur les rapports entre le corps et l'âme. Puisque l'âme n'est pas une partie de l'homme à côté du corps, mais le centre de sa personne, c'est la personne humaine qui entre dans la vie auprès de Dieu. Mais le corps n'est pas non plus simplement une partie de l'homme ; il est la personne dans son rapport concret au monde qui l'entoure et dans lequel elle vit, un rapport à ce point intime qu'une "parcelle" de monde, à savoir son corps, est partie intégrante de nous-mêmes. Sur cet arrière-plan, on voit clairement ce que signifie la séparation de l'âme et du corps, à savoir la cessation, l'interruption de nos rapports avec notre milieu et notre monde. Cette rupture est exprimée d'une autre façon dans la représentation vétéro-testamentaire du shéol. La représentation traditionnelle de la séparation du corps et de l'âme n'est pas pour autant dépourvue de fondement biblique. Néanmoins, au regard de la foi, le corps et l'âme ne peuvent pas être totalement séparés l'un de l'autre, au point qu'il n'y aurait absolument plus aucun rapport entre eux. Il faut admettre que subsiste au-delà de la mort un certain rapport au corps et au monde, un rapport incomplet et qui échappe à notre expérience. La foi professe, en effet, que les morts qui vivent auprès de Dieu restent unis à nous en Jésus-Christ et dans l'Esprit-Saint, à l'intérieur de la même communion des saints. Ce lien permanent s'exprime en particulier dans la prière pour les défunts.
On voit clairement ici que l'espérance du chrétien va au-delà de la communion personnelle de l'individu avec Dieu ; elle s'étend à la perspective d'un nouvel avenir pour l'ensemble de l'humanité, d'un corps tranformé dans un monde transformé, et de la résurrection des morts. La tradition de l'Église distingue entre l'achèvement de l'homme individuel dans la mort et l'achèvement de l'humanité et de toute réalité dans la résurrection des morts à la fin des temps.